iDeCoの年末調整2026｜書き方・必要書類・控除額を解説

まず掛金の払込方法を確認する

年末調整の準備を始める前に、iDeCoの掛金を自分の口座から払っているか、給与から天引きされているかを確認してください。公務員も、払込方法によって手続きが変わります。

次の表は、年末調整の対象となる給与所得者を想定した整理です。

個人払込では、勤務先は銀行口座から引き落とされた掛金額を把握できません。iDeCoに加入しているだけでは年末調整に反映されないため、本人からの申告が必要です。

年の途中で払込方法を変更した方は、個人払込分と給与天引き分を分けて確認してください。個人払込分の証明書が届いている場合は、勤務先に給与天引き分との区分を伝えると、二重計上を防げます。

iDeCoは保険料控除申告書のどこに書く？

個人払込のiDeCoは、「給与所得者の保険料控除申告書」にある「小規模企業共済等掛金控除」の欄へ記入します。

その中の「確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金」がiDeCoの記入欄です。「個人年金保険料控除」や「社会保険料控除」の欄と取り違えないようにしてください。

紙の申告書では、対象となる年間掛金額を該当する行に記入し、ほかの対象掛金があれば合わせて「合計（控除額）」に記入します。勤務先のシステムで申告する場合も、iDeCoまたは個人型年金加入者掛金に対応する項目を選びます。

月1万円を年間12回払い込んだ場合の記入例

その年に月1万円を12回、個人払込で納付し、証明書でも年間12万円が確認できるケースを考えます。ほかに小規模企業共済等掛金控除の対象となる掛金はないものとします。

この12万円は所得から差し引く金額です。申告書に、税金の軽減見込額や運用商品の評価額を記入するわけではありません。

申告する金額は、その年に払い込んだ掛金で確認する

小規模企業共済等掛金控除は、その年に支払った掛金が対象です。「設定している月額×12か月」で決めず、払込証明書の金額と、その後の納付状況を確認してください。

年の途中で加入した方、掛金を変更した方、拠出を停止した方は、月額だけでは年間の控除額を判断できません。証明書に年末までの払込予定額が含まれている場合は、予定どおり納付されるかも確認します。申告後に引き落としができなかった場合など、実際の払込額が申告額と変わったときは、勤務先へ訂正を申し出てください。

年の途中から始めた場合

例えば、月2万円で加入し、その年中に実際に払い込んだ掛金が3回分の6万円なら、控除対象は6万円です。年間を通じて加入していた場合の24万円ではありません。

加入を申し込んだ月と、初めて掛金が引き落とされた月が異なることもあります。年末近くに加入した場合ほど、申込日だけで判断せず、証明書と引落実績を照合しましょう。

2026年12月分の掛金変更は、引落年にも注意

iDeCo公式サイトでは、2026年12月分からの拠出限度額の引上げについて、2027年1月引落分からと案内しています。2027年1月に引き落とされる掛金は、2026年分の個人払込の控除額に加えず、2027年分で確認します。

控除証明書はいつ届く？届かないときの確認先

個人払込の年末調整で使用するのは、国民年金基金連合会が発行する「小規模企業共済等掛金払込証明書」です。紙の証明書のほか、勤務先の対応状況に応じて電子データも利用できます。

2026年分については、公式サイトで次の発行予定が案内されています。発送日と手元への到着日は異なります。

2026年分の発行日程は、その年の公式案内によるものです。翌年以降も同じ日付になるとは限りません。

証明書が届かない場合は、まず給与天引きになっていないか、年内の払込実績があるか、登録住所に変更がないかを確認してください。紛失や住所変更に伴う再発行は、加入している金融機関などの運営管理機関へ申し出ます。

電子データを利用する場合

勤務先が電子申告に対応していれば、指定された方法で証明書データを提出できます。紙で提出する場合は、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で作成した書面を利用する方法があります。

電子ファイルの画面をそのまま印刷したものや、スクリーンショットでよいとは限りません。勤務先が受け付けるデータ形式・書面を確認して準備してください。

iDeCoの年末調整でいくら戻る？税負担の軽減例

税負担がどれだけ軽くなるかは、掛金額と、その掛金を所得から差し引く部分に適用される税率で変わります。同じ掛金でも、全員が同額の還付を受けるわけではありません。

2026年分の目安は、「年間掛金×所得税率×1.021」で所得税・復興特別所得税の軽減額を計算し、住民税所得割を標準税率10％として「年間掛金×10％」を別に見積もる方法です。

次の表は、年間掛金24万円について、控除する全額に同じ所得税率が適用され、住民税でも全額が所得割の軽減につながると仮定したモデルケースです。税額控除や端数処理などは考慮していません。

所得税率は、額面年収にそのまま当てはめるものではありません。給与所得控除や各種所得控除を差し引いた後の課税所得で決まり、iDeCoの控除によって税率の境目をまたぐ場合は、表の単純計算と異なります。年間掛金24万円も試算上の設定であり、すべての加入者の拠出上限を示すものではありません。

月1万円・所得税率10％なら、年間約2.4万円の軽減が目安

月1万円を12回払い、年間掛金が12万円だった場合、控除部分の所得税率を10％とすると、所得税・復興特別所得税の軽減目安は12,252円です。翌年度の住民税の軽減目安12,000円と合わせると、年間24,252円になります。

この24,252円の全額が、年末調整でまとめて振り込まれるわけではありません。住民税の軽減分は、通常、翌年6月からの給与天引き額などに反映されます。所得税の還付額も、毎月の源泉徴収額やほかの控除と合わせて精算した結果です。

申告を忘れた・証明書が間に合わない場合は確定申告で対応できる

勤務先の提出期限を過ぎた場合は、まず給与担当へ、追加提出や年末調整のやり直しが可能か確認してください。勤務先で対応できない場合でも、確定申告でiDeCoの控除を受けられます。

確定申告では、源泉徴収票の内容を入力し、小規模企業共済等掛金控除の項目にiDeCoの対象掛金を反映します。年末調整で処理済みの給与天引き分や個人払込分に、同じ掛金を重ねて加算しないよう確認が必要です。

もともと確定申告の義務がない方が、納め過ぎの所得税を取り戻す「還付申告」をする場合は、原則として対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。2026年分なら、原則2027年1月1日から2031年12月31日までです。

副業などにより確定申告の義務がある方は、その年の申告期限に従ってください。すでに確定申告を済ませた後に控除漏れに気づいた場合は、申告期限や提出状況に応じて、訂正や更正の請求などの手続きを確認します。

なお、2026年分以後の確定申告書を2027年1月1日以後に提出する場合、一定事項を記載した明細書の添付により、掛金の証明書の添付・提示に代えられる取扱いがあります。年末調整への提出とは区別し、申告する年分の国税庁の案内に従ってください。

転職・退職・育休があった年に確認したいこと

年の途中で働き方が変わった場合は、「どこで年末調整を受けるか」と「その年にいくら掛金を払ったか」を分けて確認します。

転職先で年末調整を受ける方は、前職の源泉徴収票と、個人払込分のiDeCoの払込証明書を準備してください。前職で給与天引きされていた分がある場合は、その旨も転職先へ伝えます。

退職後に再就職せず、年末調整を受けない方は、確定申告で年間の所得と控除を精算できます。退職までの給与から所得税が引かれていても、年間で計算すると還付になる場合があります。

育休・休職中で給与が少ない方は、その年の課税所得がどの程度残るかを確認しましょう。所得税の課税所得がなければ、掛金を払っていても所得税の軽減は生じません。ただし、所得税と住民税では控除額などが異なるため、所得税がゼロでも住民税の所得割が軽減される場合があります。また、本人のiDeCo掛金を配偶者の所得から控除することはできません。