非居住者の年末調整は必要？出国時の対象給与と源泉徴収【2026】

非居住者の年末調整は、年の途中の変更も含めて判断する

年末調整は、居住者の給与について、毎月の源泉徴収税額と年間の税額との差を精算する手続きです。非居住者になった後の給与を、そのまま居住者の給与と合算するものではありません。

まずは、その年の居住状況を次のように分けると、確認する手続きが分かります。

海外転勤による出国時の年末調整と、帰国した年の年末調整では、対象となる給与の範囲が異なります。どちらも「その年に同じ勤務先から受け取った給与を全部合算する」とは限りません。

居住者・非居住者は国籍や住民票だけでは決まらない

所得税法上の居住者は、日本国内に住所がある人、または現在まで引き続き1年以上、国内に居所がある人です。それ以外の人が非居住者に当たります。

住所とは生活の本拠を指し、勤務先、住居、家族の居住状況などの客観的な事実から判断します。外国籍でも日本で生活する人は居住者になり、日本国籍でも海外に生活の本拠を移せば非居住者になることがあります。

一般に、1年以上の予定で海外の支店などに転勤する場合は非居住者となります。一方、短期の海外出張などで生活の本拠が日本に残る場合は、引き続き居住者として扱われることがあります。

住民票の国外転出届や出入国の記録は確認資料になりますが、それだけで結論を出さず、実際の生活・勤務の状況と照らし合わせます。

海外転勤で非居住者になるときは、出国前に給与を精算する

扶養控除等申告書を提出している居住者が、1年以上の予定で海外に転勤する場合、年末調整の対象となる給与総額が2,000万円以下であるなどの要件を満たせば、出国の日までに年末調整を行います。

通常は、居住者としての最後の給与支給に合わせて精算します。12月の通常の年末調整まで待つ扱いではないため、海外赴任が決まった段階で給与担当者に出国予定日を伝える必要があります。

モデルケース：9月末に出国し、10月から海外勤務をする場合

次の条件で、海外転勤に伴う年末調整の対象になる従業員を想定します。金額はすべて額面で、賞与・他の給与・未払給与はないものとします。

この例の270万円は給与収入です。ここから給与所得控除や適用できる所得控除を反映して税額を計算するため、270万円にそのまま税率を掛けるわけではありません。また、2026年9月の精算では、後述する12月施行の改正にも注意が必要です。

出国時の控除は、保険料の支払時期と家族の年間所得に注意する

出国時の年末調整も、基本的な計算方法は通常の年末調整と同じです。ただし、保険料をいつ支払ったか、家族の所得をどの期間で見積もるかに違いがあります。

例えば9月に出国する場合、配偶者の所得条件を1～9月の収入だけで判定することはできません。10～12月に受け取る見込みの給与なども踏まえ、年間の所得を見積もります。

扶養控除等申告書の内容を確認し、保険料控除申告書や、基礎控除・配偶者控除等に関する申告書など、適用を受ける控除に応じた書類を提出します。後に本人が確定申告をする場合は、納税管理人の届出状況などによって判定時点が変わることもあるため、出国時の年末調整と分けて確認します。

出国後に支給される給与も、国内勤務分は課税される

非居住者になった後に支給期が到来する給与では、国内源泉所得に該当するかを確認します。一般の従業員が日本国内で行った勤務に対応する給与は、原則として20.42％の源泉徴収の対象です。国外勤務に対応する給与は、原則として日本の所得税の課税対象になりません。

この20.42％による源泉徴収は、居住者の月額表・日額表による計算とは異なります。国内勤務分に対する課税を、出国前の年末調整に含めて精算することもありません。租税条約で免税等が認められる場合には、その要件と手続きを別に確認します。

モデルケース：10月勤務分30万円を、出国後の11月17日に支給

10月31日に退職し、11月5日に出国、11月6日から非居住者となると判定された従業員を想定します。10月分給与の所定支給日は11月17日で、全額が日本国内の勤務に対応し、租税条約による免税等はないものとします。

この例では、勤務した10月には居住者でも、給与の支給期は非居住者となった後に到来します。勤務対象月だけを見て、居住者の給与として処理しないようにします。なお、所定支給日が出国前に到来していた給与の支払いが遅れた場合は別です。年末調整では、対象期間中に支払うことが確定した未払給与も対象に含まれます。

出国後の賞与は、国内勤務に対応する部分を確認する

海外赴任後に支給される賞与でも、査定・計算期間に日本での勤務が含まれていれば、国内勤務に対応する部分は原則として源泉徴収の対象です。内国法人の役員報酬には、国外勤務でも国内源泉所得となる取扱いがあるため、一般の従業員の給与とは分けて判断します。

退職後に出国する人は、中途退職者の要件も確認する

海外転勤・出向による非居住者への変更と、退職してから国外へ移住する場合は、雇用の状況が異なります。「出国予定がある」という理由だけで、すべての中途退職者について年末調整を行うとは判断できません。

国税庁は、年の途中の年末調整の対象として、海外支店等への転勤などで非居住者となった人のほか、死亡退職者、著しい心身の障害による一定の退職者、12月に支給されるべき給与を受けた後の退職者などを挙げています。一定の低額給与のパートタイマー等に関する取扱いもあります。

退職後に出国する場合は、退職日と非居住者になった日との前後関係に加え、これらの要件に該当するかを確認します。該当しない中途退職者は、原則として勤務先では年末調整を行わず、本人が確定申告の要否や還付申告の対象になるかを確認します。

給与担当者は、退職日、出国日、居住者としての最終給与支給日、出国後に残る給与・賞与を並べて確認すると、処理の漏れを防ぎやすくなります。非居住者となった後の最終給与から20.42％を徴収する処理と、居住者期間の年末調整の要否は、それぞれ判断する必要があります。

帰国して居住者になった年は、帰国後の給与で年末調整する

海外勤務から帰国して居住者となり、扶養控除等申告書を提出した場合は、給与総額が2,000万円以下であるなどの要件を満たせば、原則として帰国日以後、年末までに支給期が到来する給与を対象に年末調整を行います。

例えば、10月1日に帰国して居住者となり、10～12月に毎月30万円の給与の支給期が到来する場合、年末調整の対象は合計90万円です。非居住者期間中に支給された海外勤務分の給与は、この年末調整には含めません。

一方、帰国後に支給期が到来する給与に、帰国前の国外勤務に対応する部分が含まれていても、原則として全額を居住者の給与として源泉徴収します。社会保険料控除や生命保険料控除などは、帰国後の居住者期間に支払った対象保険料で計算します。

2026年は、最後の給与支給日と12月改正の関係に注意する

2026年度税制改正では、基礎控除、給与所得控除、扶養親族等の所得要件が見直されています。ただし、2026年の途中に出国時の年末調整を受ける場合、改正後の控除等がその場で適用されるとは限りません。

国税庁のQ&Aでは、居住者として最後に給与の支払を受けた日が2026年11月30日以前である人の年末調整には、改正後の控除等は適用されないとされています。改正後の控除等を受けるには、確定申告等が必要です。

単に年末調整の計算作業を12月まで遅らせれば、改正後の控除等を使えるということではありません。先ほどの9月出国のモデルケースも、この確認が必要です。国外から申告等を行う場合は、納税管理人の選任を含め、国税庁Q&AのQ1－3・Q6－3に沿って手続きを確認します。

源泉徴収票には、非居住者としての給与を混在させない

年の途中で非居住者になった人については、居住者としての給与と、非居住者としての給与を分けて管理します。

非居住者に対して国内勤務の対価として給与を支払った場合、税務署への法定調書は「給与所得の源泉徴収票」ではなく、「非居住者に支払われる給与、報酬、年金及び賞金の支払調書」を用います。国税庁は、年間の支払金額が50万円以下の場合は、この支払調書の提出は不要としています。

したがって、居住者期間の年末調整などに用いる源泉徴収票に、非居住者として支給された給与が載っていなくても、それだけで記載漏れとはいえません。本人が受け取った総額との違いを確認するときは、非居住者としての支給額と源泉徴収税額も別に照合します。

年末調整で完了しない場合は、確定申告の要否を確認する

給与収入が2,000万円を超える場合や、給与以外に一定の所得がある場合などは、本人の確定申告が必要になることがあります。出国時の年末調整を受けた人でも、申告の要否は別に確認します。

申告義務がある人が、納税管理人の届出をせずに日本国内の住所・居所を有しないことになる場合は、原則として出国の時までに準確定申告と納税が必要です。納税管理人を届け出る場合は、通常の申告時期に納税管理人を通じて申告する方法を確認します。

勤務先には年末調整の対象と最終給与の扱いを、税務署には申告義務と出国後の手続きを確認すると、相談内容が明確になります。その際は、給与明細や源泉徴収票に加え、退職日・出国日・給与支給日をまとめたものがあると確認が進めやすくなります。