年末調整しないとどうなる？書類の出し忘れ・確定申告の要否を解説

年末調整をしないと、税金の過不足が残る

毎月の給与から天引きされる所得税は、その時点の給与額や申告された扶養親族等の数などを基に計算されています。年間の給与総額や各種控除を反映した最終的な税額とは、差が出ることがあります。

この差を勤務先が精算する手続きが年末調整です。納め過ぎなら還付し、不足していれば追加で徴収します。年末調整を受けられなかった場合は、自分の収入と源泉徴収税額を確認し、確定申告の要否や還付の有無を確かめることになります。

影響は、次のように分けて考えると分かりやすくなります。

見るべきなのは「年末調整をしたか」だけではありません。「税金はいくら天引きされているか」「控除が反映されているか」「確定申告の義務があるか」を併せて確認してください。

書類を出さない場合は、未提出の書類によって扱いが違う

「年末調整の書類を出さなかった」といっても、扶養控除等申告書を提出していない場合と、生命保険料の証明書だけを出し忘れた場合では、影響が異なります。

主な書類と、提出しなかった場合の扱いを整理すると次のとおりです。実際には、複数の申告書が一つの様式や電子申告画面にまとまっていることもあります。

保険料控除を申告し忘れても、それだけで年末調整全体が行われなくなるわけではありません。また、給与から天引きされた社会保険料など、勤務先が把握している情報と、自分で申告する必要がある情報は区別して確認する必要があります。

年末調整を受けなかったら、必ず確定申告が必要？

確定申告の義務は、年末調整の有無だけで決まるものではありません。給与収入の金額、勤務先の数、給与以外の所得などによって判断します。

国税庁が示す、給与所得者で確定申告が必要になる主なケースは次のとおりです。以下は、確定申告をすると還付になる人を除く整理です。

• 年間の給与収入が2,000万円を超える人
• 給与を1か所から受け、その全部が源泉徴収の対象で、給与所得・退職所得以外の所得の合計が20万円を超える人
• 給与を2か所以上から受け、その全部が源泉徴収の対象で、年末調整されなかった給与の収入金額と、給与所得・退職所得以外の所得の合計が20万円を超える人
• 源泉徴収義務のない人から給与を受けている人など

2か所以上から給与を受けている場合には、給与収入の合計から所得控除の合計額（雑損控除・医療費控除・寄附金控除・基礎控除を除く）を差し引いた金額が150万円以下で、給与所得・退職所得以外の所得が20万円以下なら申告不要となる例外もあります。単に「掛け持ちしている」「年末調整していない」という理由だけで判断しないことが大切です。

1か所の給与だけなら、年末調整未済でも申告義務がない場合がある

例えば、給与収入が年間2,000万円以下で、源泉徴収の対象となる1か所の給与しかなく、ほかに申告義務が生じる事情もなければ、年末調整を受けていないことだけを理由に確定申告が必要になるわけではありません。

ただし、申告しなくてもよいことと、税金を納め過ぎていないことは別です。退職などで年末調整を受けていない場合は、還付申告をすることで税金が戻る可能性があります。

副業の「20万円」は、給与と報酬で見る金額が違う

副業がアルバイトなどの給与なら、原則として年末調整されなかった給与の収入金額を使います。業務委託などの報酬なら、原則として収入から必要経費を差し引いた所得金額で判断します。

例えば、本業の年末調整が済んでいて、副業の給与収入が年間30万円なら、給与の総額や控除などの例外を確認したうえで、確定申告の要否を判断します。同じ30万円でも、報酬収入30万円・必要経費15万円なら所得は15万円です。

いくら戻る？還付額は天引きされた税金との差額で決まる

年末調整をしなかった場合の還付額に、一律の金額はありません。基本となるのは、すでに天引きされた所得税等と、年間の所得・控除を反映して計算した所得税等との差額です。

次の表は仕組みを示すモデルケースです。金額は説明用に仮定したもので、特定の年収の平均額や、公務員の標準的な還付額を示すものではありません。

Aの人が年末調整も還付申告も受けなければ、30,000円は戻らないままになります。Cのように、天引きされた所得税等がなく、予定納税もしていない場合は、控除を追加しても還付される所得税はありません。

保険料の申告漏れは「払った金額がそのまま戻る」ものではない

例えば、申告し忘れた保険料を追加することで、所得税の所得控除が40,000円増えるとします。その40,000円全体に所得税率10％が適用され、税額控除などの影響がない2026年分のモデルケースでは、復興特別所得税を含めた税額の減少は概算で約4,100円です。

計算の目安は「40,000円×10％×1.021＝4,084円」です。実際の差額は端数処理などで変わります。支払った保険料と所得控除額、さらに還付額は、それぞれ異なる金額として見てください。

退職・転職・掛け持ち勤務では、給与の合算を確認する

退職して年内に再就職しなかった場合

年の途中で退職し、その後に再就職しなかった人は、原則として年末調整を受ける機会がありません。ただし、死亡退職や一定の少額給与の退職者など、年の途中で年末調整を行う例外があります。

中途退職では、毎月の源泉徴収額に対して年間の税額が少なくなり、還付になることがあります。退職後に自分で支払った国民年金保険料や国民健康保険料なども含め、申告できる控除を確認してください。

転職先に前職の源泉徴収票を出していない場合

年内に転職した場合、前職で扶養控除等申告書を提出して受け取った給与は、原則として転職先の給与と合算して年末調整します。

例えば、前職の給与収入が180万円、転職先が220万円なら、合算の対象となる給与収入は400万円です。前職の源泉徴収票などで給与や源泉徴収税額を確認できない場合、転職先は年末調整を行えず、本人が確定申告で精算することになります。

同時に2か所で働いている場合

掛け持ち勤務では、通常、扶養控除等申告書を提出している主たる勤務先で年末調整を受けます。もう一方の勤務先の給与は、原則としてその年末調整に含めません。

「年内に辞めた前職の給与を合算すること」と、「同時に働いている副業先の給与を合算すること」は扱いが違います。源泉徴収票をすべてそろえ、年末調整に含まれた給与と含まれていない給与を確認しましょう。

提出期限を過ぎたら、勤務先への確認から始める

勤務先が定めた提出期限を過ぎても、すぐに対応できなくなるとは限りません。給与計算がまだ終わっていなければ追加提出できることがあり、年末調整後でも内容によっては再計算が可能です。

給与担当者には「何年分の、どの書類が不足しているか」を伝え、「追加提出ができるか」「すでに年末調整済みか」を確認してください。控除の追加などでは、翌年1月末までの再調整が認められる場合がありますが、勤務先の事務日程もあるため、早めの連絡が必要です。

勤務先で対応できない場合は、源泉徴収票と控除に必要な資料を使って確定申告を行います。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」では、給与や控除などを入力して税額を計算できます。

申告に向けて、主に次の資料をそろえておくと手続きが進めやすくなります。

• その年に給与を受け取った各勤務先の源泉徴収票
• 生命保険料、地震保険料、国民年金、iDeCoなどの控除証明書・支払情報
• 配偶者や扶養親族などの所得を確認できる資料
• 副業の収入・必要経費が分かる記録
• 申告方法に応じた本人確認書類やマイナンバーカード、還付先口座の情報

源泉徴収票は申告書への添付が原則不要でも、給与や源泉徴収税額を正しく入力するために必要です。年末調整で適用済みの控除と、今回追加する控除を確認し、重複して計上しないようにしてください。

確定申告も放置した場合は、申告義務の有無で結果が分かれる

還付申告の「5年間」と、納税が必要な確定申告の期限を混同しないでください。申告義務がある人が、5年以内ならいつでもよいと考えて放置することはできません。

2026年分を例にすると、主な期限は次のようになります。

上の還付申告の期間は、その年分の確定申告書をまだ提出していない人についての原則です。すでに申告済みで控除を追加する場合などは、更正の請求といった別の手続きを確認します。期限内の申告が適用要件となる特例にも注意が必要です。

申告義務があることに期限後に気づいた場合は、申告内容を確認し、できるだけ早く期限後申告と納税を行ってください。追加でかかる税金は、申告や納付の時期などによって変わります。

所得税の申告が不要でも、住民税の確認は必要

住民税は、前年の所得や控除などを基に市区町村が計算します。年末調整を受けなかったからといって、住民税がかからなくなるわけではありません。

勤務先から提出された給与支払報告書などで税額が計算される場合もあります。ただし、追加したい控除や給与以外の所得があるときは、本人の申告が必要になることがあります。

所得税の確定申告をした場合は、原則として住民税の申告を別に行う必要はありません。一方、所得税の申告をしない場合は、住民税の申告が必要か、翌年1月1日現在の住所地の市区町村に確認してください。所得税の還付がゼロでも、住民税の控除を申告する意味がある場合があります。